Für das Atherom gibt es keine sinnvolle Behandlung ohne Operation. Wegen des bekannten Infektionsrisikos sollten Atherome operativ entfernt werden. Dies ist ein einfacher Eingriff, welcher in örtlicher Betäubung durchgeführt werden kann. Hierbei wird der Grützbeutel mit einer kleine Hautspindel im Gesamten mit seiner Kapsel entfernt.
Der infizierte Grützbeutel kann jedoch nicht wie oben entfernt werden. Durch die Infektion ist eine örtliche Betäubung oft unwirksam, so dass nur in einer Vollnarkose operiert werden kann. Durch den Entzündungsprozess ist das Gewebe teigig und locker aufgequollen. Folglich ist es praktisch nicht möglich, die Kapsel mit zu entfernen. Es erfolgt dann hier meist nur eine Incision ("Einschnitt") im Abszessgebiet, damit der Eiter abfließen kann. Die Wunde wird dann offen behandelt. Eine Begleittherapie mit einem Antibiotikum ist gelegentlich erforderlich. Nach einer Abheilungsdauer von ca. 3 – 4 Wochen muss dann in einem zweiten Eingriff die Atherom-Kapsel entfernt werden, da es sonst zu einem Rezidiv (Wiederauftreten) kommt. Da ein infiziertes Atherom sowohl vom Behandler als auch vom Patienten viel mehr Geduld und Aufwand erfordert, ist es ratsam ein Atherom in einem frühen entzündungsfreien Zustand zu operieren.