Die Entwicklung einer Steißbeinfistel merkt man anfangs nicht oder die Beschwerden sind gering und unspezifisch (Schmerzen beim Sitzen auf harten Stühlen, Gefühl wie bei einem "Pickel" oder einer Prellung). Manchmal treten außer einer sichtbaren Öffnung im Bereich der Gesäßfalte („rima ani“) keinerlei Beschwerden auf ("blande" Verlaufsform).
Akuter Verlauf
Der Pilonidalabszeß kann sich innerhalb weniger Tage entwickeln, die zugrundeliegende Steißbeinfistel existierte unbemerkt schon vorher. Durch Reibung der Gesäßhälften aneinander kommt es gerade bei starker Behaarung zu einer Einsprießung von Haaren in die Haut. Diese wirken per se bereits als Fremdkörper und bilden zudem eine Leitstruktur für Keime, die in dieser Region regelmäßig in großer Zahl vorkommen. Kommt noch starkes Schwitzen hinzu, so besteht ein für Bakterien optimales feucht-warmes Milieu. Die Folgen sind starke Entzündung und Eiterbildung. Die typische Ausprägung mit einer geröteten, schmerzhaften Beule am Po bzw. in der Steißbeinregion erkennt man auf einen Blick. Die äußerlich sichtbaren Symptome können auch gering sein. Der Patient hat starke Schmerzen, obwohl man nicht viel sieht. Bei genauer Betrachtung fällt aber auf, dass im Seitenvergleich doch eine Schwellung erkennbar oder eine Verhärtung zu tasten ist.
Chronischer fistelnder Verlauf
Es finden sich keine akuten Entzündungszeichen, dafür aber eine dauerhafte Absonderung (Fistelsekretion) in Form von Eiter bzw. Wundsekret oder blutiger Flüssigkeit. Es besteht kein Juckreiz, die Unterwäsche wird mit Eiter oder Blut verschmiert. Die Steißbeinfistel kann sich innerhalb weniger Tage auf Faustgröße entzünden und somit einen stechenden Schmerz hervorrufen.